На каком уровне документная база вроде MongoDB даёт атомарность по умолчанию?

Из этого правила напрямую вытекает подход к моделированию: связанные данные, изменяемые одной операцией, вкладывают в документ, а не разносят по коллекциям — тогда транзакции просто не нужны. Многодокументные транзакции появились в поздних версиях и работают, но стоят дороже и в распределённой конфигурации накладывают ограничения, поэтому опираться на них как на основной приём проектирования не стоит. Полезно провести параллель с DDD: документ хорошо соответствует агрегату, и правило «одна транзакция меняет один агрегат» здесь становится техническим ограничением, а не рекомендацией.